文渊阁大学士李光地竭力推荐施琅。所以康熙录用施琅为福建水师提督，加太子少保衔。

  施琅从小在海滨长大，又常常跟从父亲出海经商，因而对海滨的气候、地舆等方面的状况了若指掌。

  参军后，施琅转战东南滨海，有丰厚的海战经历。更重要的是，施琅原来说郑军的将领，对台湾的军防十分了解。

  水兵不同陆军，中华千百年来，北方常常收到外来民族的侵袭，因而陆军将领多有建功之机。

  施琅建议以武力，提出“因剿寓抚”的战略方针，也就是说征讨的一起招降敌人。一起对此拟定了具体的方案。

  1683年六月十四日，施琅依据风向和敌方防护状况的情报，决议督率水军从宝穴（今福建东山岛）动身。

  之所以选在六月，是因为此刻正是西南季风，军舰从东山岛动身，可以乘风向东穿越台湾海峡，直抵澎湖列岛。（结合下方地图）

  从地图上可以精确的看出，澎湖列岛是间隔台湾最近的群岛。海上气候多变，有了澎湖列岛，就等于有了避风港，有了桥头堡。

  主攻部队，是由施琅亲率56只大型战船组成的。使命是正面进攻郑军主阵地娘妈宫。

  东线进犯部队，是由总兵陈蟒等带领50只战船组成的。使命是从澎湖港口东侧闯入鸡笼屿，作为奇兵，合作主攻部队夹攻娘妈宫。

  西线进犯部队，是由总兵董义等统率另50只战船组成的。使命是从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，控制西面的郑军。

  十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日早七时，通过充沛休整和预备的清军向澎湖郑军建议总攻。通过9小时激战，清军获得全面成功，共毙伤郑军官兵1.2万人，抓获5000余人。击毁、缉获郑军战船190余艘。

  失掉澎湖这个屏障，台湾就彻底暴露在施琅的冲击之下。施琅一面进湾，一面派人招安郑氏。

  其时台湾的控制者郑克塽面临施琅的进攻，现已心灰意懒，再加上刘国轩的劝说，于八月十三日，带领文武官员向施琅屈服。

  施琅入台之后，自动前去祭拜郑成功，并对郑氏父子运营台湾的功劳作了高度的点评，然后安靖台湾人心。